Testé avec un jpeg dans un autre jpeg :
steghide embed -cf cvr.jpg -ef emb.jpeg

Ca passe bien aussi. Le principal étant que ton fichier emb soit nettement plus petit que le fichier récéptacle.

La commande de base pour appliquer un fichier texte à une image avec steghide est :
steghide embed -cf cvr.jpg -ef emb.txt

Un petit script simple te permet d'automatiser la commande pour tout fichier image présent dans un dossier comme ceci :

#!/bin/bash
for i in *.jpg; do
steghide embed -cf $i -ef emb.txt
done

Tu enregistre ça dans un fichier texte que tu renommes en stego-par-lot.sh.
Il ne restera plus qu'à donner le mot de passe pour chaque image.

J'ai regardé ce qui se faisait par défaut sur Ubuntu et voici ce qui en ressort :

hab@ubuntu:~$ sudo apt-cache search steg
outguess - Universal Steganographic tool
samhain - Data integrity and host intrusion alert system
snowdrop - plain text watermarking and watermark recovery
stegdetect - Detect and extract steganography messages inside JPEG
steghide - A steganography hiding tool
xsteg - Graphical frontend to stegdetect

Le développement d outguess a été stoppé en 2004.
steghide ne semble plus mis à jour depuis 2003 mais il fonctionne de façon très simple.
Si tu veux marquer un lot de fichiers d'un coup, il doit être très aisé de faire un petit script bash pour faire une boucle  sur toute image présente dans un dossier.

Jette aussi un oeil à StegaIn et StegaOut:
http://theland.free.fr/index.php?title=Steganographie


Tiens, pour steghide (qui fonctionne sur Windows et Linux) je viens de voir que SteGUI propose une interface graphique ET qu'en plus il étend les fonctions de steghide  permettant de vérifier le résultat de la stégano effectuée (site : http://stegui.sourceforge.net ) .