Pour compresser au format zip (non libre) avec la commande du même nom dans un terminal en attribuant un mot de passe à l'archive, il faut taper avec la syntaxe suivante:
zip -P assword stuff you_are_a_pirate.pdf
Le mot de passe et donc tapé en clair dans le terminal et reste visible dans l'historique du terminal (/$home/.bash_history).

Pour contourner ce petit risque potentiel, il est préférable de taper :
zip -e stuff you_are_a_pirate.pdf
Le mot de passe de chiffrement sera alors demandé en deux fois, non affiché sur le terminal ni enregistré dans l'historique du terminal /$home/.bash_history .
Enter password :
Verify password :

Extrait du manuel de la commande "zip" : 
 -P password
 --password password
 Use password to encrypt zipfile entries (if any). THIS IS INSE-
 CURE! Many multi-user operating systems provide ways for any
 user to see the current command line of any other user; even on
 stand-alone systems there is always the threat of over-the-
 shoulder peeking. Storing the plaintext password as part of a
 command line in an automated script is even worse. Whenever
 possible, use the non-echoing, interactive prompt to enter pass-
 words. (And where security is truly important, use strong
 encryption such as Pretty Good Privacy instead of the relatively
 weak standard encryption provided by zipfile utilities.)