L'installation du service pack 1 pour Windows Vista introduit de nouveaux problèmes de compatibilité, plus particulièrement avec certains antivirus, firewalls et suites de sécurité. Selon la base de connaissance de Microsoft, la mise à jour du service pack 1 pour Windows Vista apporte certains problèmes de compatibilité avec les applications de sécurité suivantes :

- BitDefender Antivirus 10
- BitDefender Internet Security 10
- Jiangmin KV Antivirus 2008
- Jiangmin KV Antivirus 10
- Trend Micro Internet Security 2008
- Zone Alarm Security Suite 7.1.078

Liste complète des problèmes générés par ce service pack pour Windows Vista :
Information about programs that are known to experience a loss of functionality when they run on a Windows Vista Service Pack 1-based computer